gget Genomic Lookups
Recherches bioinformatiques rapides avec le CLI gget et le paquet Python : IDs Ensembl, séquences, recherches façon BLAST, enrichissement et journaux de preuves reproductibles.
- Quoi
- Recherches bioinformatiques rapides avec le CLI gget et le paquet Python : IDs Ensembl, séquences, recherches façon BLAST, enrichissement et journaux de preuves reproductibles.
- Coût
- Gratuit
- Prérequis
- Utilisez « Requêtes génomiques gget » avec votre Muse.
- Installation
- Copiez le prompt d’installation ci-dessous dans votre Muse — votre agent fait le reste.
Sélectionné par Skill Harbor : un workflow de recherche rapide pour la bioinformatique basé sur le CLI gget et le paquet Python. Trouvez IDs Ensembl, métadonnées de gènes, détails de transcrits et séquences ; lancez des recherches BLAST ou BLAT rapides sans construire un pipeline local complet ; récupérez liens de génomes de référence et annotations depuis Ensembl ; interrogez les modules de structure protéique, voies, cancer, expression et associations maladie via une seule interface ; et créez un journal de preuves reproductible de premier passage avant de passer à des outils plus lourds comme Biopython, Snakemake, Nextflow, BLAST+ ou des clients spécifiques aux bases. S'installe dans un environnement Python propre (venv ou uv), se met à jour avant de se fier à des environnements anciens, et utilise une forme CLI (gget module arguments options) plus une forme Python pour tout. Par @affaan-m, listé ici avec crédit à son créateur. Tiré du dépôt affaan-m/ECC (MIT). Bémols honnêtes : un outil de premier passage, pas un pipeline de production ; les bases amont changent avec le temps, revérifiez donc la doc des modules ; jamais pour de l'interprétation clinique réglementée, du haut débit de production, ni rien exigeant un contrôle fin des versions de bases. Skill Harbor ne vérifie jamais le code, examinez-le vous-même avant usage.
Version :
Installation
Copiez le dossier d’installation ci-dessous, puis collez-le dans MuseLe prompt d'installation ci-dessous inclut déjà les étapes de vérification : votre agent suit la checklist communautaire avant d'installer tout ce qui contient du code exécutable. Vous en voulez plus ?
Utilisez « Requêtes génomiques gget » avec votre Muse. 1. Ouvrez le skill : https://github.com/affaan-m/ECC/blob/main/skills/scientific-pkg-gget/SKILL.md et copiez le texte complet du SKILL.md. 2. Collez-le dans un chat avec Muse et ajoutez : « Cherche [gène] dans Ensembl » ou « Lance une recherche façon BLAST pour [séquence] » ou « Récupère le génome de référence de [organisme]. » 3. Installez d'abord gget dans un environnement Python propre (python -m venv .venv, pip install --upgrade gget) et mettez à jour avant de vous fier à une ancienne installation. Astuce : utilisez-le pour le journal de preuves reproductible de premier passage, puis passez à Biopython, Snakemake ou Nextflow quand la tâche dépasse les recherches rapides. Sécurité : un skill est du texte d'instructions ; il n'exécute rien tout seul. Jamais pour de l'interprétation clinique réglementée. Gardez les données patients ou cliniques hors de tout chat.
Enregistré dans vos installs récentes. Retrouvez-le à tout moment sur /connect.
Questions
Comment installer une création ?
Chaque fiche produit contient un prompt d’installation à copier-coller. Collez-le dans votre Muse et il installe la création pour vous — sans configuration manuelle.
Où va mon argent ?
Directement au vendeur. Skill Harbor ne traite jamais les paiements : le paiement se fait sur la page du vendeur, généralement via Stripe.
Que signifie le ✓ à côté du nom d’un créateur ?
Il signifie que nous avons confirmé l’identité de la personne derrière la fiche. Il ne dit rien sur le code lui-même — vérifiez toujours une création avant de l’installer.