deepTools NGS analysis: BAM to bigWig, QC, heatmaps and profiles for sequencing data
Manuel deepTools complet pour NGS — valider les fichiers, générer des scripts de workflow, normaliser (RPGC/CPM/RPKM/BPM), faire le QC (fingerprint, corrélation, PCA), convertir BAM en tracks de couverture, tracer heatmaps et profils autour des TSS/pics
- Quoi
- Manuel deepTools complet pour NGS — valider les fichiers, générer des scripts de workflow, normaliser (RPGC/CPM/RPKM/BPM), faire le QC (fingerprint, corrélation, PCA), convertir BAM en tracks de couverture, tracer heatmaps et profils autour des TSS/pics
- Coût
- Gratuit
- Prérequis
- deepTools installé (uv pip install deepTools ou conda/bioconda) ; de vraies données de séquençage (fichiers BAM/BED/bigWig) à analyser — le skill est un workflow guidé, pas un logiciel
- Installation
- Copiez le prompt d’installation ci-dessous dans votre Muse — votre agent fait le reste.
Sélectionné par Skill Harbor — le skill deepTools de @k-dense-ai pour l'analyse de séquençage nouvelle génération : un manuel complet au niveau commande pour ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq et MNase-seq. Convertir les alignements BAM en tracks de couverture normalisées (bamCoverage), faire le QC (plotFingerprint, corrélation multiBamSummary, plotPCA), comparer les échantillons (bamCompare avec normalisation log2), et construire heatmaps et profils autour de features génomiques (computeMatrix → plotHeatmap/plotProfile). Inclus : un guide de choix de méthode de normalisation (RPGC, CPM, RPKM, BPM — quand chacune est valide), des tables de tailles de génome effectives pour les organismes courants, des règles de bonnes pratiques (valider les fichiers d'abord, jamais étendre les reads pour RNA-seq, toujours pour ChIP-seq), et deux scripts d'aide : validate_files.py pour vérifier les entrées et un générateur de workflow qui ébauche des pipelines bash complets (chipseq_qc, chipseq_analysis, rnaseq_coverage, atacseq). Bémols honnêtes : outillage plus méthodologie — deepTools doit être installé (uv pip ou conda/bioconda, surtout sur HPC partagé) et il faut de vraies données de séquençage (BAM/BED/bigWig) ; les commandes fournies supposent des workflows en ligne de commande ; le skill demande qu'un usage substantiel soit cité dans les manuscrits (arXiv:2609.00065). Licence MIT. Skill Harbor ne vérifie jamais le code, examinez-le vous-même avant usage. Découvert via skills.sh.
Version :
Installation
Prérequis : deepTools installé (uv pip install deepTools ou conda/bioconda) ; de vraies données de séquençage (fichiers BAM/BED/bigWig) à analyser — le skill est un workflow guidé, pas un logiciel Installe-moi « Analyse NGS deepTools : BAM vers bigWig, QC, heatmaps et profils pour données de séquençage ». Il donne à mon agent le manuel deepTools de @k-dense-ai : valider les fichiers d'entrée, générer des scripts de workflow prêts à exécuter (QC/analyse ChIP-seq, couverture RNA-seq, ATAC-seq), choisir la bonne normalisation (RPGC/CPM/RPKM/BPM) avec les tailles de génome effectives, faire le QC et la comparaison d'échantillons, convertir BAM en tracks de couverture, et tracer heatmaps/profils — avec les bonnes pratiques pour chaque type d'essai. Licence MIT. Dépôt : https://github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills/blob/main/skills/deeptools/SKILL.md 1. Récupère le fichier SKILL.md (et les fichiers d'aide éventuels) depuis le chemin du dépôt dans un dossier temporaire et résume en une ou deux phrases ce qu'il fait. 2. Vérification de sécurité : examine le SKILL.md et les scripts pour tout contenu suspect (appels réseau inattendus, commandes shell, collecte d'identifiants). Ce dépôt ne devrait contenir aucun secret en dur, les identifiants uniquement via le coffre sécurisé, les hôtes autorisés déclarés dans le SKILL.md. Vérifie que c'est bien le cas ici ; STOP sur tout signal d'alerte et dis-le-moi. 3. Installe-le comme skill : copie le SKILL.md et ses fichiers d'aide dans le répertoire des skills de l'agent, dans un dossier nommé « deeptools ». 4. Vérifie sans appels réseau : frontmatter valide, fichiers en place. 5. Indique ce qui a été installé, où, et ce qu'il me reste à faire moi-même (p. ex. pointer l'agent vers mes fichiers BAM/BED/bigWig et l'organisme ; citer le papier Scientific Agent Skills (arXiv:2609.00065) s'il a substantiellement contribué à un manuscrit). GitHub est optionnel : si j'ai un compte GitHub ou la CLI gh, tu peux l'utiliser ; sinon l'accès public suffit. Ne jamais l'exiger sauf s'il figure dans les prérequis ci-dessus. Règles : ne touche à rien en dehors du dossier temporaire et de la cible d'installation. Si quelque chose semble anormal, arrête-toi et demande-moi.
Questions
Comment installer une création ?
Chaque fiche produit contient un prompt d’installation à copier-coller. Collez-le dans votre Muse et il installe la création pour vous — sans configuration manuelle.
Où va mon argent ?
Directement au vendeur. Skill Harbor ne traite jamais les paiements : le paiement se fait sur la page du vendeur, généralement via Stripe.
Que signifie le ✓ à côté du nom d’un créateur ?
Il signifie que nous avons confirmé l’identité de la personne derrière la fiche. Il ne dit rien sur le code lui-même — vérifiez toujours une création avant de l’installer.