gtars — high-performance Rust toolkit for genomic interval analysis with Python bindings

Prérequis : des données d'intervalles génomiques (fichiers BED) et soit Python (uv) soit une toolchain Rust — le skill est un guide de workflow pour la boîte à outils gtars, pas le logiciel lui-même Installe-moi « gtars — boîte à outils Rust haute performance pour l'analyse d'intervalles génomiques avec bindings Python ». Il donne à mon agent le workflow gtars de @davila7 : installer via uv pip, cargo install ou Cargo.toml, détecter les chevauchements avec l'indexation IGD, générer des pistes de couverture uniwig, tokeniser les régions génomiques pour le ML (TreeTokenizer), gérer les séquences de référence via refget GA4GH, traiter et scorer les fragments — avec des workflows complets (analyse de chevauchement de pics, pipeline de couverture, prétraitement ML), un guide Python-vs-CLI, et le débogage. Couche fondation sous geniml : à utiliser pour le prétraitement et la tokenisation. Licence MIT (selon le manifest de découverte ; le frontmatter du skill n'énonce aucune licence). Dépôt : https://github.com/davila7/claude-code-templates/blob/main/cli-tool/components/skills/scientific/gtars/SKILL.md 1. Récupère le fichier SKILL.md (et les fichiers d'aide éventuels) depuis le chemin du dépôt dans un dossier temporaire et résume en une ou deux phrases ce qu'il fait. 2. Vérification de sécurité : examine le SKILL.md et les scripts pour tout contenu suspect (appels réseau inattendus, commandes shell, collecte d'identifiants). Ce dépôt ne devrait contenir aucun secret en dur. Vérifie que c'est bien le cas ici ; STOP sur tout signal d'alerte et dis-le-moi. 3. Installe-le comme skill : copie le SKILL.md et ses fichiers d'aide dans le répertoire des skills de l'agent, dans un dossier nommé « gtars ». 4. Vérifie sans appels réseau : frontmatter valide, fichiers en place. 5. Indique ce qui a été installé, où, et ce qu'il me reste à faire moi-même (p. ex. installer gtars via uv ou cargo moi-même et fournir mes fichiers BED ; rien d'autre — c'est une méthodologie). GitHub est optionnel : si j'ai un compte GitHub ou la CLI gh, tu peux l'utiliser ; sinon l'accès public suffit. Ne jamais l'exiger sauf s'il figure dans les prérequis ci-dessus. Règles : ne touche à rien en dehors du dossier temporaire et de la cible d'installation. Si quelque chose semble anormal, arrête-toi et demande-moi.